Bir kişinin biyolojik, anatomik cinsiyeti doğuştan belirlenmiştir. Anatomik yapısı, cinsel organlarının görünümü, hormonları bir bebeğin kız ya da erkek olduğunu gösterir. Kişinin kendisini “dişi” ya da “erkek” olarak hissetmesi cinsel kimliğidir. Cinsel kimlik, erken çocukluk yıllarında belirlenir.
İlerleyen yıllarda, özellikle ergenlik dönemiyle birlikte, kişinin cinsel yönelimi belirlenir. Kişinin cinsel yaşamında erkek ya da dişi partner seçimi cinsel yönelimle ilgilidir. Aynı cinsiyetten partner seçme ya da aynı cinsiyetten bireyi cinsel olarak arzulama “homoseksüalite” (eşcinsellik) olarak adlandırılır. Bir eşcinsel erkek kendisini “erkek” olarak hisseder, ancak cinsel yaşamında erkekleri arzular, erkekleri hayal eder ve erkek partner seçer. Özetle, eşcinsellik bir cinsel yönelim sorunu ya da bir cinsel yönelim farklılığıdır. Toplumda rastladığımız en kafa karıştırıcı durum cinsel yönelimle cinsel kimlik arasındaki farkın ayırt edilememesidir. Biyolojik ve anatomik olarak erkek olan bireyin kendisini “dişi” olarak hissetmesi “cinsel kimlik bozukluğu” (=transseksüalite) olarak tanımlanır. Eşcinsel erkeğin fiziğiyle, anatomisiyle bir sorunu yoktur. Ancak, bir transseksüel erkek hormon tedavileri ve cinsiyet değiştirme ameliyatı ile cinsiyetini bir an önce değiştirmek ister.
Günümüz psikiyatri bilimi eşcinselliği bir hastalık olarak kabul etmezken, transseksüalite bir hastalık olarak tanımlanmıştır. Sigmund Freud eşcinselliği bir hastalık olarak değerlendirmemiş ve onun temelini attığı psikanalitik kuram erkek eşcinselliğinin olası nedenleri arasında erken çocukluk yıllarında anneye aşırı yakınlık, güçlü bir baba modeli eksikliği, erkeklik gelişiminin çeşitli nedenlerle engellenmiş olması gibi etkenleri öne sürmüştür. Ancak, henüz eşcinselliğin nedenleri ayrıntılı ve net bir şekilde açığa çıkarılamamıştır.